تتمثل رسالة مكتب الدراسات العليا في تقديم برامج دراسات عليا (ماجستير / دكتوراة) مُتميزة للأكاديميين والمهنيين بالمؤسسات الأكاديمية والمهنية العامة منها والخاصة، كما يقدم خدماته لعامة شرائح المجتمع الراغبين في استكمال دراستهم العليا وتحقيق طموحاتهم العلمية والوظيفية، بما يُسهم في بناء القدرات البشرية وتنمية المجتمع في الدولة الليبية.

مكتب الدراسات العليا بجامعة البحر المتوسط هو أحد دعائم الجامعة ويسعى لأن يكون رائداً في برامج الدراسات العليا محلياً وإقليمياً.

هناك جُملة من الأهداف العامة والقصيرة والمُتوسطة والطويلة الأجل التي يسعى مكتب الدراسات العليا إلى تحقيقها، الأمر الذي يُمكِّن إدارة المكتب من تحقيق الرؤية المُتميزة والرسالة المُعلنة للمكتب. هذه الأهداف تتصف بالخصوصية والتحديد بما يضمن نجاح عملية القياس والتقييم وتحديد مستويات الإنجاز.